Ein mannweibliches Doppelwesen, in der alchemistischen Allegorik häufig irreführend als Hermaphrodit bezeichnet, dient hier einerseits als Symbolbild für die Materia prima, anderseits auch für den „Stein der Weisen“, der die polaren Gegensätze in sich auflöst, »Coincidentia oppositorum«. Die androgyne Gestalt geht offenbar auf alte kosmogonische Vorstellungen zurück und stellt die ursprüngliche Einheit der beiden später einander suchenden Gegenpole dar; etwa in Form des Urriesen Ymir, des Purusha, Gayomard, gemahnend an den orphischen Urgott Phanes, an die Urwesen in der Euryximachos-Rede, Platons Symposion, an die hermaphroditische Statue in der Dandamis-Erzählung des Bardesanes. Über die verschiedenen Systeme der Gnosis drang der Gedanke, dass jede Schöpfung gewissermassen eine Zeugung wäre und daher eines männlichen und eines weiblichen Elementes bedürfe, die anfänglich untrennbar verbunden waren und am Ende wieder ineinander aufgehen, in die Bilderwelt der Alchemie ein. In der gnostischen Symbolik ist häufig von einer heiligen Hochzeit von Sophia, der Weisheit, mit dem Sotir, Erlöser, die Rede, und so tritt an die Stelle des einzigen androgynen Wesens oft das Bild der zeugenden Umarmung, chymische Hochzeit, etwa von Sonne und Mond. Eine Tarnbezeichnung für den Androgyn ist »Rebfis«, von res bina, das Zweifache. Bekannte bildliche Darstellungen des Androgyns sind etwa enthalten in der Handschrift des Michael Cochem, Biblische Vadiana, St. Gallen, und in der Handschrift Rh 172 der Zentralbibliothek Zürich.
Die grosse Bedeutung, die jenem Symbol in der Alchemie-Literatur zukommt, erhellt zum Beispiel aus dem »Kleinen Bauern« des Grassaeus, ebenso aus dem »Kompass der Weisen« des Ketmia Vere. »Der Mercurius, wovon Montesnyders redet, hat eine zwiefache Natur, und wird deswegen Hermaphrodit genennt. Hat zween Eltern, oder entstehet aus zween andern Mercuriis, deren der eine weiss, der andere roth ist. Die Lunaria Zedlers Lexikon 1738: L. »heisset bey denen Chymisten, was sie sonsten Aquam mercurialem, Acetum Philosophorum, Mercurium mineralum, und Sputum lunae, zu nennen pflegen« ist der weisse Mercurius; der allerschärfste Weinessig des Lullius ist der rothe. Dieser weisse Mercurius ist das Bad des Monden, und der rothe Mercurius das Bad der Sonnen... Ich schliesse endlich die Braut und den Bräutigam in eine helle Kammer« usw.
Charakteristisch für die Metaphorik dieser Epoche ist zum Beispiel der Text »Aus dem hermaphroditischen Sonn- und Monds-Kind, des Sohns der Weisen natürlichübernatürliche Gebärung, Zerstöhrung und Wiedergeburt... durch einen Lehrjünger der Natur L.C.S. Maynz 1752«, in dem Sammelwerk »Hermetisches A.B.C.... vom Stein der Weisen«, Berlin 1779,: »Von Art hab ich einen grauen Leib,/ bin doch kein Mann und auch kein Weib;/ beide Naturen an mir zu han,/ das zeigt mein Fleisch und Blut wohl an,/ das Blut männlich, das Fleisch weiblich,/ die Kraft beider die ist geistlich./ Ich habe Mann- und Weibes-Glied,/ drum nennt man mich Hermaphrodit:/... Ein Ding der Welt vor Augen steht,/ so in sich nimmt des Goldes-Secret:/ sein Form ist männ-und weiblich Gestalt/ und sein Natur ist heiss und kalt./ Der Mann bleibt fest, das Weib das fliesst/ wenn mans aus seiner Miner giesst:/ ist doch nur eins, Anfang und End, hiemit der Mann zum Weib sich wend...« etc.
Vermutlich hat nur die wissenschaftsgeschichtlich erklärbare Tatsache, dass Fachleute für die Geschichte der - Alchemie sich nicht mit dem religionshistorischen Basismaterial der Gnosis befassten, die bei entsprechender Quellenkenntnis naheliegende Erkenntnis behindert, dass sich in der alchemistischen Doktrin gnostische Lehrinhalte verbergen. Dies erhellt vor allem aus Texten, die sich mit der Gestalt des androgynen Gottes, der den Menschen »nach seinem Ebenbilde« und zugleich als »männlich und weiblich« geschaffen hat. Diese esoterischen Lehren spielen auch in der jüdischen Geisteswelt der Spätantike eine grosse Rolle. Im Traktat Megilla des babylonischen Talmud wird die Bibelübersetzung diskutiert: 'Männlich und weiblich erschuf er ihn', statt 'erschuf er sie. R. Mayer schreibt in seinem Kommentar dazu: »Raschi verweist zu dieser Stelle auf die Aggada, nach welcher der eine erste Mensch, Adam zunächst zwei Gesichter gehabt habe. Eine ähnliche Legende wird von Aristophanes im Symposion von Platon erzählt.« Die Lehre von einer ursprünglich vorhandenen Doppelnatur, die später auf höherer Stufe bewusst wiederhergestellt werden soll, wird in den alchemistischen Texten in Form von Allegorien der zur Einheit strebenden Dualität von Sol/Luna, Mars/Venus, Gabricius-Beja, König/Königin, Sulphur/Mercurius usw. immer neu paraphrasiert. Diese polaren Gegensätze sollen von der uranfänglichen Doppelgestalt über einen Prozess der Läuterung zu einer vergeistigten Ganzheit hinleiten. Sowohl androgyne Bilder als auch solche der „chymischen Hochzeit“ spielen damit auf Doktrinen aus dem Mutterboden der Gnosis an.
Kennzeichnend für die der androgynen Vorstellung zugrundeliegende Geisteswelt ist zum Beispiel Vers 22 des syrischen apokryphen Thomas-Evangeliums: »Wenn ihr das Männliche und das Weibliche zu einem einzigen machen werdet, so dass das Männliche nicht männlich und das Weibliche nicht weiblich sein wird..., dann werdet ihr in das Königreich eingehen«.